| לצד תערוכת הקבע לתולדות ירושלים מתקיימות במוזיאון תערוכות מתחלפות בתחומי אמנות שונים שנושאיהן קשורים לירושלים ולתולדותיה. |
 |
התערוכות עוסקות במגוון רחב של תחומים מהאמנויות הפלסטיות, הארכיטקטורה, הצילום ועד לתבלינים ולתבשילים ירושלמיים, שהתבשמה בהם העיר לאורך ההיסטוריה. |
| בין התערוכות המתחלפות שקיים המוזיאון: התארוחה- 'אוכלים בירושלים' - 3,000 שנות מזון בירושלים, 'סינמה ירושלים' - מאה שנות קולנוע בעיר ירושלים, ותערוכת האמן דייל צ'יהולי -לאור ירושלים 2000' - התערוכה שכבשה שיא עולמי במספר המבקרים |
אולם תערוכות מתחלפות-
תערוכת צ'יהולי, 2000 |
עוד על תערוכות מתחלפות שהיו במוזיאון |
